Beberapa petani vanili Indonesia tengah mengembangkan vanili organik. Hanya saja tanaman ini sangat rentan terkena penyakit busuk pangkal batang sehingga pupuk yang digunakan juga perlu disterilisasi.

Menurut Zabidi, pelaku vanili, penggunaan pupuk organik idealnya adalah  2 – 3 kg/pohon/tahun. Cara aplikasinya dengan mengelilingi pohon vanili lalu ditutupi dengan sabut kelapa kering yang juga disterilkan.